创办这一基金会的初衷，是因为李宁心中一直考虑的一个问题。当时中国的国家队及省市队的注册运动员约有14 000人。由于运动员从小就接受专业训练，无法正常完成普通学校的教育课程，不少运动员退役后缺少谋生技能，寻找工作时困难重重。李宁已经感受到了退役运动员的落寞和无所适从。

能成为耀眼明星的毕竟是少数，更多的退役运动员如何融入社会？这种后顾之忧又会影响到选手的选拔。于是，这个教育基金设立的宗旨是，与运动员、教练员一起共同面对新的挑战，通过社会的力量来资助并帮助他们获得其运动项目以外的专业知识和外语技能，让他们在发挥自身特长的同时增强综合素质，帮助他们在离开竞技场后能够适应新的工作环境，能够健康、幸福地生活。出于这个目的，李宁打算开展资助高等教育进修计划、大学前补课计划以及专题讲座等。李宁的担心并不多余，在基金会注册5年后，2006年，曾打破全国纪录、世界纪录的全国举重冠军邹春兰被媒体曝光在家乡长春一家大众浴池搓澡谋生，夫妻俩住在浴室提供的5平方米的小屋内，午饭就是白菜和米饭。这位曾闪耀体坛的冠军只有不到小学三年级的文化，退役后工作和生活都陷入了极其困窘的境地。《中国青年报》2006年3月27日《从"邹春兰悲剧"反思经纪体育之弊》一文称，"像邹春兰这样境况窘迫的退役运动员，在中国体育界并非少数，甚至包括亚洲冠军、世界冠军。" 实际上，在没有成立基金会之前，李宁就一直把运动员看做自己的家人。在1998年7月第四届美国友好运动会的一次跳马练习中，运动员桑兰不慎受伤。后来这个体育界著名的坐在轮椅上的阳光女孩回忆说，她和李宁认识是在为2002年特奥会共同担任爱心大使时。当时李宁听说桑兰当年将换个新环境，就读北京大学新闻与传播学院，就关心地说："桑兰没事儿，我们来帮助你。"于是，李宁回到北京就带着桑兰的父母去北京大学附近看房，最后选中一处，打算每个月花三千多元钱帮桑兰租下以方便她学习。"他说，放心吧，桑兰，这些钱都由李宁哥替你出。"桑兰感动地回忆说。虽然最后桑兰并没有接受这份礼物，但她回忆李宁给她的感觉时说："他就是一个亲切的大师兄。" 这次，这位体操界的大师兄想要帮助更多人了。为了扩大影响，2004年10月，中国运动员教育基金会在京首次举办活动，主办了"首届中国运动员教育基金高尔夫慈善邀请赛"。这是基金会建成后的第一次大规模社会活动，不仅是为了把关心者集聚到一起，还是为了替基金会募集资金。李宁一下子请到了李小双、李大双、李春阳、马艳红、刘国梁、江嘉良、蔡振华、李永波等将近40名著名的奥运和世界冠军，这成了中国体育界的大聚会。众多体育明星之后将善款全部捐献给新疆残疾儿童。一年之后，李宁联合中国体育基金会再次举办高尔夫慈善邀请赛，为中国运动员教育基金会募捐。这一次不仅仍然参与者众，而且还成功募集了用于建设希望小学的资金。

但是，募集的这些资金还并不足以支持李宁的全部计划，对退伍运动员的培训也迫在眉睫，如果没有足够的资金来源，这一切如何进展？在2005年快要结束时，李宁给出了答案：他出售自己持有的李宁公司1.64个百分点的股票套现近亿港元。李宁公司当时发表声明称，这笔资金将主要用于培养年轻运动员和发展中国体育事业，并非谋利性质。此举使李宁在该公司中所持股份从38.67%下降至37.03%，同时慈善事业在李宁日后的生活中占据了更大的比重。

募集资金之后，李宁的身影频频出现在贫困地区，他开始组织和参与运动员教育基金会的更多扶贫助学活动。2006年12月，他和郭晶晶、胡佳等"中国运动员希望小学探访团"成员一起到海南东方市罗带学区的中国运动员希望小学时，媒体眼前甚至出现了他一直低调保护的儿子李小宁-他是带儿子来切身感受"帮助"这个词语的更多意义。